但是,高度分化的基因间区如何介导亚基因组协同调控呢?我们发现亚基因组协同的转录因子结合位点,大多只在一个亚基因组中由TE贡献(图D)。这样不平衡的TE插入为何伴随平衡的转录因子结合?我们推测,小麦基因组曾发生活跃的TE爆发和蜕化,导致很多TE不再具有经典的TE结构。于是,我们设计了统计检验策略,在全基因组水平鉴定基因附近蜕化的TE。我们发现三个亚基因组经历了不平衡的TE蜕化(asymmetric TE decay),而内部转录因子结合位点在亚基因组之间高度保守,受到平行选择(parallel evolution of TFBS)(图E)。追溯这些TE的类型和爆发时间,发现亚基因共同祖先中一个特定TE家族(RLC_famc1.4)的古老扩张(约500万年前),贡献于现代小麦大量转录因子的协同调控(图F)。结合转录组数据,发现这些转录因子平衡结合的靶基因在亚基因组间趋向于平衡表达。
综上,本研究通过整合普通小麦转录因子结合图谱并开发降解TE的检测方案,发现500万年前古老的TE扩张和亚基因组分化后新兴的TE扩张对普通小麦亚基因组协同和分化调控的不同贡献,展示了转座子池的可塑性如何影响多倍体调控的可塑性(图G)。